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甲基化檢測

DNA甲基化是最早發現的基因表觀修飾方式之一，真核生物中的甲基化往往僅發生于胞嘧啶，即在DNA甲基化轉移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶轉變為5'-甲基胞嘧啶。通常情況下，DNA甲基化能夠抑制基因的表達，而去甲基化則會誘導基因的重新活化和表達。通過這種DNA修飾方式可以在不改變基因序列前提下實現對基因表達的調控。人DNA的甲基化狀態與生長發育調控密切相關，比如抑癌基因通過增加CpG島以外的CpG序列非甲基化程度，而CpG島中的CpG則呈高度甲基化狀態，這樣將導致抑癌基因表達的下降，引起腫瘤的發生。
甲基化檢測的研究應用：
1. 尋找甲基化位點
    1) 通過甲基化的測序可以尋找到相應甲基化位點；
    2) 通過實驗對照研究，進行甲基化芯片檢測，能夠幫助發現相關的甲基化位點；
    3) 通過研究某些基因的表達量改變的現象，可預測該基因是否存在CpG島；
2. 驗證甲基化位點，并進行甲基化程度分析
    1) MSP方法：可進行檢測發現或某些特定位點的甲基化進行驗證，但無法進行甲基化程度分析；
    2) BSP克隆測序法：掃描驗證相關基因的甲基化位點，并計算甲基化程度；
    3) HRM法：這個方法往往應用與大量樣本甲基化的驗證，并能獲得甲基化程度范圍；
    4)焦磷酸測序法： 驗證相關基因的甲基化位點，可計算出精確的甲基化程度。
3. 分析甲基化位點與研究的相關性
    1) 通過對照分析比較甲基化位點的甲基化差異；
    2) 通過對照分析比較基因啟動子區甲基化程度差異；
4.啟動子甲基化檢測來驗證基因的表達量變化
   由于啟動子區發生甲基化的變化，可能會導致基因的表達量的改變，從而影響該基因所在的某些通路，最終導致某種疾病，或表型變化。因而通過啟動子區域的甲基化檢測，可以評估和判斷發生甲基化的區域與轉錄因子之間關聯是否密切，從而指導研究某些疾病中基因表達變化的原因。

不同方法檢測甲基化流程圖：

?   芯片法

?   焦磷酸測序

?   探針法

?   質譜法